非基因大豆和基因大豆的主要区别在于它们的遗传基因是否被人工改变。具体如下：

1. 遗传基因：非基因大豆是指没有经过基因改造的传统大豆品种，其遗传基因来自自然的遗传变异和选择。而基因大豆是指经过基因改造的大豆品种，其遗传基因被人工改变，通常是为了增强其某些特定性状，例如抗虫性、抗草药性等。

2. 生长环境：非基因大豆通常在传统的有机农业生产环境下生长，不使用农药、化肥等化学物质。而基因大豆则可能在使用农药、化肥等化学物质的生产环境下生长。

3. 安全性：由于基因大豆的遗传基因被改变，因此引起了一些争议和关注，关于其安全性问题仍存在一定的争议。而非基因大豆则被认为是更加安全、健康的食品。

总的来说，非基因大豆和基因大豆在遗传基因、生长环境以及安全性等方面存在差异。由于基因改造食品仍存在一定的争议和风险，因此在选择大豆及其制品时，建议优先选择非基因大豆。

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